1645年（清顺治二年），清政府在威海卫设守备署，原威海卫指挥使司的掌印指挥陈万言被“拣选”为署理守备，其职守仍如明代。1659年（顺治十六年），卫守备管理庶政，兼理屯务，与州县平行。守备以下，仅设经历司（经历一人）掌理文牍和军民词讼，儒学教授（一人）掌理学校与教化。

    随着卫守备署的建立，原左、前、后三所各改设千总一员，称所千总，管理所内事务，隶于卫守备；明代设的百户、总旗、小旗等官员均裁废。1655年（顺治十二年），左、前二所归并入卫；1702年（清康熙四十一年），后所也归并入卫，威海卫仅存卫守备署一级机构。